Первое упоминание о церкви Николая Чудотворца в Унже относится к 1522 году. В этот период город подвергался набегам казанских татар, в результате одного из которых деревянная церковь была сожжена. Летописные источники сообщают: «ударишися татаровя на Унжу безвестно и церковь Николая Чудотворца ожгоша и людей поиде за ними в погон с галичскими детми боярскими».
В последующие годы на месте разрушенной церкви была возведена новая деревянная постройка. Однако точные даты и обстоятельства её строительства остаются неизвестными. Предположительно, в начале XIX века, в период активного каменного строительства в регионе, было принято решение о возведении каменного храма во имя святителя Николая Чудотворца. Однако конкретные сведения о времени строительства и архитектурных особенностях этого храма отсутствуют.
В настоящее время в селе Унжа сохранились другие исторические храмы, такие как Воскресенская церковь, построенная в 1810 году, и церковь Макария Унженского, возведённая в 1822 году. Они представляют собой примеры архитектуры раннего классицизма и продолжают функционировать, являясь центрами духовной жизни местного населения.