Строительство церкви было осуществлено в 2010 году по инициативе Свято-Ильинского прихода и при благословении митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора.Часовня была возведена в течение пяти месяцев и освящена 2 мая 2010 года.
До начала XXI века в селе Мысхако отсутствовали православные храмы. В 2007 году была образована православная община, которой администрация предоставила помещение в здании Дома культуры для временного храма. С 2008 года там регулярно проводились молебны и панихиды, а в 2009 году была совершена первая Божественная литургия. В том же году, после получения земельного участка и разрешения на строительство, 4 ноября состоялась закладка камня в основание будущего храма пророка Илии. 2 августа 2018 года епископ Новороссийский и Геленджикский Феогност совершил чин освящения построенного храма.
Часовня святителя Николая Чудотворца была построена на территории села как часть усилий по развитию православной инфраструктуры и обеспечению духовного окормления местных жителей. Архитектурно часовня представляет собой небольшое кирпичное здание, увенчанное одной главой с крестом, выполненное в традициях православного зодчества. Фасады часовни украшены декоративными элементами, характерными для культовых сооружений, а внутреннее убранство включает иконы, посвящённые святителю Николаю Чудотворцу и другим православным святым.
