До начала 2000-х годов в селе Мысхако отсутствовали православные храмы. В 2007 году местные жители инициировали создание православной общины, стремясь обеспечить духовное окормление населения. В ответ на просьбу общины, администрация предоставила помещение в здании Дома культуры для временного размещения храма. После проведения необходимых ремонтных и адаптационных работ, с 2008 года в этом помещении начали регулярно проводиться молебны и панихиды. В 2009 году была совершена первая Божественная литургия, ознаменовавшая начало полноценной литургической жизни прихода.
В том же 2009 году, после урегулирования вопросов, связанных с выделением земельного участка, община получила разрешение на строительство постоянного храма. 4 ноября 2009 года, по благословению митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора, состоялась закладка камня в основание будущего храма.
Строительство храма велось в соответствии с традициями православного храмового зодчества. Здание представляет собой классический образец православной архитектуры с характерными элементами, такими как купола и колокольня. Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с канонами православной церкви, включая иконостас и настенные росписи, отражающие сцены из Священного Писания и жития пророка Илии.
2 августа 2018 года, в день памяти пророка Божия Илии, епископ Новороссийский и Геленджикский Феогност совершил чин освящения построенного храма, что ознаменовало завершение основного этапа строительства и начало полноценной деятельности прихода в новом здании.
Помимо основного храма, на территории села была возведена православная часовня во имя святителя Николая Чудотворца. Часовня расположена на улице Центральной, рядом с сельской администрацией, на аллее винзавода. Её строительство осуществлено по благословению митрополита Исидора и при поддержке Свято-Ильинского прихода. Часовня открыта для посещения ежедневно с 9:00 до 18:00.