Строительство часовни было завершено в 2012 году, и с того времени она функционирует как действующий православный храм.
Часовня была возведена в начале XXI века в рамках развития религиозной инфраструктуры Новороссийска. Строительство часовни стало частью комплекса, включающего также храм святых благоверных князей Петра и Февронии Муромских, строительство которого началось в 2013 году. Инициатива создания этого комплекса принадлежала местной православной общине, стремившейся увековечить память святых и предоставить верующим дополнительные места для молитвы и богослужений.
Архитектурное решение часовни соответствует традициям русского православного зодчества. Здание выполнено из кирпича и увенчано одной главой с крестом. Фасады часовни украшены декоративными элементами, характерными для православных культовых сооружений. Внутреннее убранство часовни включает иконы, посвящённые святителю Николаю Чудотворцу и другим православным святым.
Часовня святителя Николая Чудотворца расположена вблизи пересечения набережной Адмирала Серебрякова и бульвара Черняховского, что делает её доступной для жителей и гостей Новороссийска. В непосредственной близости от часовни находится храм святых благоверных князей Петра и Февронии Муромских, который был освящён в 2022 году и выполняет также функции маяка.