Первоначально на этом месте в начале XVII века была построена деревянная церковь, о чём свидетельствует упоминание села Никольское в документах 1620 года.
В 1759 году помещик Яков Дмитриевич Бехтеев возвёл на месте деревянной каменную церковь во имя Николая Чудотворца Мирликийского. В период с 1865 по 1869 годы на месте старого храма была построена новая каменная Никольская церковь. Согласно некоторым источникам, строительство завершилось в 1867 году. Существует предание о служении в этом храме святителя Тихона Задонского, что подтверждается его тесными связями с родом Бехтеевых, у которых он часто гостил в имениях Липовки и Ксизово.
Архитектурно храм представляет собой каменное здание с приделами: на правой стороне — святого Алексия Московского митрополита, на левой — Тихвинской иконы Божией Матери. При церкви также имеется тёплый храм в честь преподобного Иоанна Дамаскина, а обе церкви соединены общей каменной колокольней. Вокруг храмового комплекса расположена каменная ограда старинной кладки, внутри которой находятся захоронения священнослужителей, помещиков и благотворителей храма.
В советский период храм подвергся осквернению и разрушению. В 1930-х годах церковь была закрыта, имущество разграблено, а здание использовалось не по назначению, что привело к его обветшанию.