История храма берет свое начало в конце XIX века, когда в хуторе Николаенко была возведена первая деревянная церковь, посвященная Святителю Николаю Чудотворцу. Строительство храма было инициировано местными жителями, стремившимися иметь собственное место для отправления религиозных обрядов и богослужений. Средства на строительство были собраны общиной хутора, а также получены от благотворителей из близлежащих населенных пунктов.
Архитектурно первоначальный храм представлял собой деревянное здание с одноапсидной структурой, увенчанное небольшим куполом с крестом. Внутреннее убранство отличалось скромностью, однако включало в себя иконостас и несколько икон, пожертвованных прихожанами.
В период советской власти, особенно в 1930-е годы, многие религиозные учреждения подвергались закрытию и разрушению в рамках антирелигиозной политики государства. Храм Святителя Николая Чудотворца не стал исключением: он был закрыт, а здание использовалось для различных хозяйственных нужд. В результате этого внутреннее убранство было утрачено, а само здание пришло в упадок.
В конце 1980-х — начале 1990-х годов, с началом политики гласности и восстановления религиозных свобод, местные жители выразили желание восстановить храм и возродить приходскую жизнь. Было принято решение о строительстве нового храма на месте старого, учитывая его аварийное состояние и невозможность восстановления.
Строительство нового храма началось в середине 1990-х годов и продолжалось несколько лет. Финансирование осуществлялось за счет пожертвований прихожан и спонсорской помощи местных предпринимателей. Новый храм был выполнен в традиционном русском стиле, с использованием современных строительных материалов. Здание представляет собой кирпичное сооружение с одной апсидой и центральным куполом, увенчанным православным крестом. Внутреннее убранство было воссоздано с учетом канонов православной церкви, включая новый иконостас и росписи.
В 2000 году храм был освящен и вновь открыт для богослужений. С этого времени в нем регулярно проводятся литургии, таинства крещения, венчания и другие церковные обряды. Храм стал центром духовной жизни хутора Николаенко и окрестных населенных пунктов.
В последующие годы при храме была организована воскресная школа для детей, где они получают основы православной веры и нравственности. Кроме того, храм участвует в благотворительных инициативах, направленных на помощь малоимущим и нуждающимся.