В 1999 году, после получения благословения от епархиального руководства, инициативная группа обратилась к городским властям с просьбой о выделении помещения для проведения богослужений. Администрация Апшеронска предоставила в пользование часть здания бывшего железнодорожного вокзала, расположенного на улице Советской. Это здание, ранее использовавшееся для обслуживания пассажиров, к тому времени пустовало и нуждалось в ремонте.
Силами прихожан и при поддержке местных организаций было проведено переоборудование предоставленного помещения под нужды православного храма. Были выполнены работы по внутренней отделке, установке иконостаса, обустройству алтаря и других необходимых элементов церковного убранства. В результате этих усилий, к весне 2000 года помещение было готово для проведения богослужений.
Первое богослужение в новом храме состоялось в день Светлого Христова Воскресения в 2000 году. Официальное открытие и освящение храма Святителя Николая Чудотворца состоялось 4 июня 2000 года. С этого момента храм начал полноценно функционировать, став центром духовной жизни для многих жителей Апшеронска и окрестностей.
Архитектурно здание храма представляет собой реконструированное помещение бывшего вокзала, адаптированное под церковные нужды. Внешний облик сохранил некоторые черты первоначального строения, однако внутреннее пространство было полностью переоборудовано в соответствии с канонами православной архитектуры. Внутреннее убранство включает традиционный иконостас, церковную утварь и иконы, многие из которых были пожертвованы прихожанами.
С момента открытия храма при нём была организована воскресная школа для детей и взрослых, где проводятся занятия по основам православной веры, изучению Священного Писания и церковной истории. Кроме того, храм активно участвует в благотворительных и социальных проектах, направленных на поддержку малоимущих и нуждающихся жителей города.
В последующие годы храм продолжал развиваться: были проведены работы по благоустройству прилегающей территории, установлены дополнительные элементы церковной архитектуры, такие как колокольня и кресты. Приходская община активно участвует в жизни города, организуя религиозные праздники, крестные ходы и другие мероприятия, способствующие укреплению духовных связей среди населения.
