Учреждение монастыря было санкционировано решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 12 марта 2002 года.Освящение места под строительство обители состоялось 9 декабря 2001 года.Первая Божественная литургия под открытым небом была совершена 9 июня 2002 года.
26 июля 2002 года началось возведение первого монастырского храма в честь пророка Божия Илии, одновременно с прилегающим сестринским корпусом и колокольней. 26 ноября 2005 года была заложена основа здания детского приюта, ныне функционирующего как Образовательный Центр. 13 января 2006 года была заложена отдельная колокольня высотой 39 метров. 23 мая 2006 года был заложен камень в основание четырехпрестольного соборного храма в честь иконы Божией Матери «Нерушимая Стена» с приделами: нижним — в честь Казанской иконы Божией Матери, боковыми — в честь святителей Николая и Спиридона. Центральный престол был освящен 8 июня 2012 года.
Архитектурный ансамбль монастыря включает в себя:
Собор в честь иконы Божией Матери «Нерушимая Стена».
Храм в честь пророка Илии.
Надвратную часовню в честь священномученика Исидора.
Часовню в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» с мозаичными фресками.
Домовый храм в честь святых жен-мироносиц Марфы и Марии.
Образовательный Центр с учебными классами и медицинским кабинетом.
На фасаде Свято-Ильинского храма размещены мозаичные изображения пророков: Иоанна Предтечи, Илии, Елисея и Моисея. В нише центрального окна алтарной апсиды установлена скульптура пророка Илии.
Среди святынь монастыря находятся:
Несколько мощевиков с частицами мощей святых, включая великомученика Пантелеимона, святителей Василия Великого, Иоанна Златоуста, Николая Чудотворца, а также Соловецких и Киево-Печерских святых.
Икона Божией Матери «Неопалимая Купина», освященная на Святой Горе Афон в 1908 году.
Казанский и Тихвинский образы Божией Матери XIX века.
В 2015 году было основано Благовещенское подворье Апшеронского женского монастыря в городе Краснодаре, расположенное по адресу: улица Рашпилевская, 40. Здание, ранее принадлежавшее Эллинскому благотворительному обществу, было передано Русской Православной Церкви в мае 2015 года. Первая Божественная литургия в восстановленном храме состоялась в августе 2015 года. В 2016 году храм получил статус подворья Апшеронского женского монастыря.
