Храм во имя святителя Николая Чудотворца при Уфимском железнодорожном вокзале был основан в 1890 году как деревянная церковь в память о помолвке цесаревича Николая Александровича и принцессы Алисы Гессен-Дармштадтской. Строительство осуществлялось на средства рабочих и служащих Самаро-Златоустовской железной дороги. Первый деревянный храм сгорел при пожаре, после чего в 1899 году была заложена каменная пятиглавая церковь с колокольней, построенная по образцовому проекту в кирпичном стиле. Освящение состоялось в 1902 году.
Церковь выполняла функции приходского храма для железнодорожных служащих и пассажиров, останавливавшихся в Уфе. В 1897 году епископом Иустином (Полянским) был освящен придел во имя Вознесения Господня. Главный престол во имя святителя Николая Чудотворца освящен в 1902 году архиепископом Антонием (Храповицким).
В 1924 году храм стал одной из первых церквей Уфы, закрытых советской властью. Здание было передано Учпрофсожу, церковное имущество частично перешло к Симеоновской церкви, частично - на склад Госкомхоза. В помещении храма разместился клуб железнодорожников имени А.А. Андреева, подвергшийся значительной перестройке в стиле конструктивизма в 1930-х годах и постконструктивизма в 1950-х.
В последующие десятилетия здание использовалось для размещения Уфимского железнодорожного техникума и филиала Самарского государственного института путей сообщения. Частичное возвращение храма верующим произошло в 2005 году, когда Уфимской епархии были переданы актовый зал и второй этаж здания. В настоящее время храм функционирует как домовая церковь при учебном заведении.
Архитектурный облик храма представляет собой пятикупольное сооружение в кирпичном стиле с колокольней. Внутреннее убранство включает иконы с частицами мощей преподобных Моисея Уфимского и Зосимы Еннатской, а также список Табынской иконы Божией Матери. Престольные праздники отмечаются 19 декабря и 22 мая - в дни памяти святителя Николая Чудотворца.
