Первоначально на этом месте в 1779 году была построена деревянная церковь во имя Спаса Нерукотворного Образа. Строительство было обусловлено чудесным событием, связанным с остановкой иконы Спаса Нерукотворного во время крестного хода из Елабуги в Уфу. Икона не поддавалась перемещению до тех пор, пока не было обещано возвести на этом месте храм. Деревянная церковь просуществовала до 1821 года, когда была уничтожена пожаром. На её месте в 1824 году началось строительство каменного храма.
Строительство каменного храма продолжалось с 1824 по 1845 год. Храм был освящён 1 сентября 1845 года. Архитектурный облик храма отличался полукруглой колоннадой из 36 колонн, напоминающей Казанский собор в Санкт-Петербурге. По краям колоннады располагались колокольни, звон которых был слышен издалека. Внутри храма находились два боковых престола: в честь святителя Николая Чудотворца и в честь Рождества Христова.
В декабре 1929 года Спасский храм был закрыт постановлением Президиума ЦИК Башкирской АССР. Здание было перестроено и использовалось в качестве мастерской кинопроката, производственного цеха и общежития. В 1992 году храм был включён в перечень памятников архитектуры, подлежащих государственной охране, и передан на баланс Министерства культуры Башкирской АССР. В 1994 году здание было передано Уфимской епархии Русской Православной Церкви.
В августе 2004 года храм был возвращён верующим. С 24 октября 2004 года в храме начали регулярно проводиться молебны с акафистом перед иконой Спаса Нерукотворного, а с 29 августа 2005 года были возобновлены регулярные богослужения. В настоящее время здание храма требует реконструкции, и строительные работы продолжаются.
При храме действуют различные православные организации, включая центр реабилитации наркозависимых, общество трезвости, центр психологической помощи семье, а также воскресные школы для взрослых и детей. Богослужения в храме транслируются в режиме онлайн, что позволяет верующим участвовать в них дистанционно.
