Первоначальная деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца была возведена в период между 1629 и 1646 годами. В 1699 году к основному объёму храма был пристроен придел во имя преподобного Сергия Радонежского, освящённый 25 сентября того же года. В 1899 году храм подвергся реконструкции: был подведён каменный фундамент, стены обшиты тёсом, а главы покрыты железом. После завершения работ храм был вновь освящён 1 мая 1899 года.
В 1865 году в деревне Заянье была построена и освящена каменная церковь Николая Чудотворца. В последующие годы в храме были освящены два придела: 24 сентября 1870 года — во имя преподобного Стефана Нового, и 24 сентября 1876 года — во имя Сергия Радонежского. В настоящее время каменная церковь находится в ветхом состоянии и не используется для богослужений.
В советский период деревянная церковь была закрыта и находилась в запущенном состоянии. Тем не менее, в 1990 году при храме начал функционировать дом милосердия для проживания престарелых, инвалидов и бездомных, находившийся под попечением монахинь и послушниц.
В ночь на 22 апреля 2015 года деревянная церковь Николая Чудотворца была полностью уничтожена пожаром, причиной которого стало короткое замыкание. Пожарные прибыли на место происшествия, однако спасти здание не удалось. Рядом с церковью находилась богадельня, которая также сгорела.
