Первоначальное основание церкви в Паниковичах связано с именем преподобного Корнилия, игумена Псково-Печерского монастыря. Около 1541 года по его инициативе в деревне была учреждена временная церковь. В 1697 году сюда был перенесён храм из погоста Тайлово.
Самостоятельный приход в Паниковичах был выделен в 1771 году. В 1773 году на средства прихожан была построена деревянная церковь, посвящённая Святителю Николаю Чудотворцу. Однако в 1871 году здание сгорело. На месте утраченного храма в 1877 году была возведена новая деревянная церковь, строительство которой осуществлялось при содействии местного помещика Казимира Антоновича Богушевского. Церковь была обшита тесом и окрашена белой масляной краской. К ней примыкала деревянная колокольня, устроенная над притвором, на которой размещались четыре колокола. Престол в церкви был один, в честь Святителя и Чудотворца Николая. Рядом с церковью находилось кладбище. В приходе также имелось шесть часовен, расположенных в окрестных деревнях.
В 1905 году священник Лапин составил «Церковно-историческое и статистическое описание Паниковской Николаевской церкви и прихода Псковской епархии». В 1913 году крестьянин деревни Воронкино Павел Захаров пожертвовал церкви запрестольные киоты, а местный помещик В. Г. Петерсен внёс 100 рублей на покупку колокола, что отражает участие местного населения в поддержании и развитии храма.
Во время Великой Отечественной войны, в августе 1944 года, церковь была уничтожена в ходе военных действий. Снимок разрушенного храма хранится в местной школе.
В послевоенные годы на месте разрушенного храма был устроен временный храм в сторожке, начиная с 1945 года. Это позволило сохранить духовную жизнь прихода в сложные послевоенные годы.
15 июля 2008 года, в день празднования положения честной ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне, был заложен камень в фундамент нового храма в честь Святителя Николая. Чин закладки камня совершил Митрополит Псковский и Великолукский Евсевий. Строительство нового деревянного храма было завершено между 2007 и приблизительно 2015 годами. Новый храм продолжает традиции деревянного зодчества, характерного для региона, и является действующим приходом Псковской епархии Русской Православной Церкви.
