История данного храма охватывает период с XVIII века до настоящего времени.
Первоначально, в 1765 году, в селе Зиняки была построена деревянная двухпрестольная церковь. Главный холодный престол был освящен в честь святителя Алексия, митрополита Московского, а теплый придел — во имя святого Иоанна Златоуста. Со временем деревянный храм обветшал, что обусловило необходимость возведения нового здания.
В период с 1900 по 1913 годы на месте старой церкви был возведен каменный храм в русском стиле, характерном для начала XX века. Проект разработал архитектор А.К. Никитин, однако руководство строительством осуществлял архитектор П. Домбровский. Строительство велось на средства прихожан. 22 сентября (4 октября по новому стилю) 1913 года центральный престол был освящен во имя святителя Алексия, митрополита Московского. Боковые приделы, посвященные святителю Иоанну Златоусту и святителю Николаю Чудотворцу, к 1914 году оставались неосвященными.
Архитектурно храм представляет собой пятиглавый четверик с боковыми приделами и трапезной, к западной части которой примыкала трехъярусная каменная колокольня. Колокольня имела квадратное основание с массивным цилиндрическим барабаном, увенчанным луковичной главой. Восточный фасад храма примыкает к территории сельского кладбища, а западный обращен к главной площади села. Такое расположение подчеркивает доминирующее положение храма в окружающем пейзаже.
В советский период, после 1936 года, храм был закрыт, и его здание использовалось для различных хозяйственных нужд: здесь размещались машинно-тракторная станция, склад и мастерские. В 1950-х годах колокольня и первоначальные ложные барабаны с главами были разобраны; по свидетельствам местных жителей, из этого кирпича был построен гараж совхоза.
21 февраля 1994 года здание храма было возвращено Русской Православной Церкви. С этого времени начались восстановительные работы и возобновились богослужения. В 1990-х годах были вновь возведены барабаны и главы храма, однако с изменением прежних пропорций и декора. С 14 февраля 2005 года по 1 апреля 2013 года храм был закрыт из-за отсутствия священнослужителя. С 1 апреля 2013 года богослужения возобновились, и храм продолжает функционировать по настоящее время.
