Закладка храма началась в 1801 году, а освящение состоялось 22 сентября 1807 года. Главный престол был посвящён Архистратигу Божию Михаилу, правый придел — святителю Николаю Чудотворцу, левый придел — в честь Печерской иконы Божией Матери.
В период с 1892 по 1901 год был проведён капитальный ремонт церкви, в ходе которого пристроены новые помещения. Повторное освящение храма состоялось 21 ноября 1901 года.
В 1938 году, в период советской власти, церковь была официально закрыта. В 1937 году служители храма подверглись репрессиям: иереи Николай Константинович Красицкий и Александр Алексеевич Полетаев были расстреляны соответственно 28 ноября и 4 ноября 1937 года; иерей Дмитрий Семёнович Скворцов в 1934 году приговорён к 10 годам исправительно-трудовых лагерей; диакон Малахий Артемьевич Колчин в 1937 году также приговорён к 10 годам ИТЛ.
3 сентября 1991 года церковь Михаила Архангела была официально возвращена верующим. К 2013 году были определены границы прихода храма, включающие, помимо посёлка Большое Козино, посёлки Ляхово, Ляховский Бор и Костенево. В последующие годы проведены значительные восстановительные работы: отремонтированы фасады, восстановлены колокольня и центральный алтарь, которые были разобраны в середине 1940-х годов из-за повреждений кладки. В феврале 2014 года начата роспись храма и установка четырёхъярусного иконостаса.
