В конце XIX века на территории дачи Московского Николаевского сиротского института, находившейся за Дорогомиловской заставой на берегу реки Сетунь, был построен домовый храм во имя святой равноапостольной Марии Магдалины. Инициатором строительства выступил купец Щербаков, пожертвовавший на возведение храма 11 000 рублей. Архитектором проекта был Прыжов. Храм, освящённый 11 июля 1893 года, представлял собой деревянное здание, примыкавшее к столовой института. Он служил местом богослужений для воспитанниц и сотрудников института и не был приходским храмом.
После революции 1917 года храм был закрыт, как и многие другие религиозные учреждения того времени. Здание храма не сохранилось, а территория, на которой он располагался, была застроена новыми зданиями. Местность, где находилась дача Николаевского института, ныне занимает район Потылиха, и старожилов, помнящих храм, не осталось.
В 2019 году в рамках программы строительства православных храмов в Москве было начато строительство нового храма святой равноапостольной Марии Магдалины по адресу: 2-й Сетуньский проезд, владение 9. Проект предусматривал возведение кирпичного храма, архитектурное оформление которого включало декоративную резную кирпичную кладку, разработанную реставратором Павлом Сергеевым. Главным архитектором проекта выступил Владимир Королев. Иконостас для храма создал художник-иконописец Алексей Вронский. Фасады храма были оставлены в кирпиче, без обмазки, что подчёркивает оригинальность архитектуры. В дальнейшем планируется украсить фасады изразцами.
