1 сентября 1910 года, в столетнюю годовщину военного совета в Филях, состоялась закладка часовни в честь Архангела Михаила — небесного покровителя русской армии и фельдмаршала Михаила Илларионовича Кутузова. Инициатором строительства выступило Московское общество хоругвеносцев, стремившееся создать мемориал, посвященный памяти защитников Отечества. В церемонии закладки приняли участие митрополит Московский и Коломенский Владимир, московский губернатор В. Ф. Джунковский и городской голова Н. И. Гучков.
Проект часовни разработали архитекторы М. Н. Литвинов и Н. Д. Струков. Здание было выполнено в русско-византийском стиле с элементами эклектики, характерными для начала XX века. Фасады украшены кирпичным декором, включая позакомарные перекрытия, пояски, поребрики и колонны с балясинами. Особенностью часовни стала мозаика, украшающая внешние стены, а также мраморный иконостас внутри. Двухъярусная колокольня завершает архитектурный облик сооружения.
Строительство продолжалось два года, и 9 сентября 1912 года часовня была освящена. В тот же период рядом находилась так называемая Кутузовская изба — реконструкция крестьянского дома, в котором, по преданию, проходил военный совет под председательством Кутузова. Часовня стала частью музейного комплекса, посвященного событиям 1812 года, и первым в России именным музеем Кутузова. В экспозиции находились подлинные вещи полководца, образцы мундиров, оружия и другие реликвии того времени. Особое место занимал походный экипаж Кутузова, использовавшийся им во время военных кампаний.
В ноябре 1920 года, по просьбе местных жителей, часовня была преобразована в приходской храм во имя Архангела Михаила. Однако в марте 1930 года, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт, а его здание передано под различные нужды: столовую, рабочий клуб, а затем в ведение Министерства финансов СССР. В этот период здание утратило купол и многие элементы декора.
Благодаря усилиям реставратора П. Д. Барановского удалось предотвратить полное разрушение сооружения. В 1989 году было принято решение о создании в здании музея Кутузова, однако в мае 1994 года часовня была возвращена Московской Патриархии. После проведения реставрационных работ, в ходе которых были восстановлены утраченные элементы и воссоздан первоначальный облик здания, 21 ноября 1998 года в храме состоялась первая после длительного перерыва Божественная литургия. 17 ноября 2000 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил великое освящение храма-часовни.
