Основание и ранняя история
Согласно летописи, в 1566 году, в период правления Ивана Грозного, был заложен Вологодский кремль. В связи с этим событием предположительно была основана и первая деревянная церковь в честь святых апостолов Иасона и Сосипатра. Эта церковь находилась недалеко от царского дворца и служила его домовой церковью.
Строительство каменного храма
В XVII веке, после событий Смутного времени и освобождения Москвы от польских интервентов, почитание Казанской иконы Божией Матери стало особенно популярным. В начале XVII века на месте предыдущих деревянных церквей была построена новая деревянная церковь, освящённая в честь Казанской иконы Божией Матери, с приделом святых апостолов Иасона и Сосипатра. Однако в 1679 году эта церковь была уничтожена пожаром.
В том же году началось строительство новой деревянной церкви, которая в 1760 году была заменена на каменную постройку. Архитектурное оформление церкви выполнено в стиле XVII века, с массивным бесстолпным одноглавым четвериком, обширной трапезной и короткой апсидой. Колокольня, примыкающая к трапезной, выполнена в форме восьмерика на четверике и украшена перспективным порталом с парными полуколоннами.
Внутреннее убранство и росписи
В 1760-е годы внутреннее пространство церкви было расписано живописцами Спасо-Прилуцкого монастыря Яковом Алексеевым Коростиным и его сыном Фёдором. Фрески включают композиции «Преображение», сцену Страшного Суда «Жена, облачённая в солнце» и изображение Горнего Иерусалима на своде. До закрытия церкви в ней находился пятиярусный золочёный иконостас.
Преобразования XIX века
В 1820 году Казанская церковь была приписана к церкви Покрова на Торгу. В 1832 году она была переоборудована в тёплый храм, где богослужения проводились только зимой, а летом — в Покровской церкви. В 1850-е годы был пристроен правый придел во имя священномученика Антипия Пергамского, а вокруг храма сформировалось кладбище, окружённое оградой.
Советский период
В 1929 году церковь была закрыта. В 1930-х годах здание использовалось для хранения документов, а в конце 1940-х — начале 1950-х годов была разобрана шатровая колокольня. В 1970-х годах в помещении размещались торговые конторы. В 1992 году полуразрушенное здание было передано Покровской общине.
Возрождение и современное состояние
В 1995 году церковь была поставлена на государственную охрану как объект культурного наследия федерального значения. В 2000-е годы началась реставрация храма по проекту архитектора Г.П. Белова, в ходе которой были восстановлены главы и начата реставрация колокольни. В 2014 году вокруг храма был образован отдельный приход, и 20 июля того же года прошло первое богослужение. 11 мая 2015 года митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий совершил первую за 86 лет Божественную литургию. В сентябре 2017 года завершился монтаж иконостаса в приделе святых апостолов Иасона и Сосипатра.
