В начале XX века в Омске была основана религиозно-просветительская община, организованная монахинями, прибывшими из Архангельска. В 1903 году местное казачество выделило участок земли для строительства церкви. Первоначально был возведён двухэтажный корпус с домовой церковью, завершённый в 1905 году. Фундамент каменного храма был заложен в феврале 1911 года, а строительство завершено в 1915 году. Освящение храма состоялось 1 июля 1916 года епископом Омским и Павлодарским Сильвестром.
Архитектурный облик церкви выполнен в неорусском стиле, характерном для начала XX века. Здание построено из красного кирпича, украшено декоративными элементами, такими как кокошники и полуколонны. Церковь имеет пятигранную апсиду и два придела. Над входом возвышается шатровая колокольня, а центральный барабан завершён шлемовидным куполом.
В марте 1912 года община была преобразована в женский монастырь в честь Казанской иконы Божией Матери. К 1915 году монастырю было выделено дополнительно около 300 десятин земли. Монастырь занимался образовательной и медицинской деятельностью, а также ремесленным трудом.
После Октябрьской революции 1917 года монастырь продолжал функционировать до декабря 1919 года, когда был закрыт, а его имущество передано детской трудовой коммуне. В 1930 году храм был закрыт, а монахини, оставшиеся в монастыре, были репрессированы. В последующие годы здание использовалось для различных нужд, включая склад и продовольственную базу.
