Храм святителя Иоанна Тобольского в Омске ведет свою историю с 1992 года. В этот период в России происходили значительные изменения в законодательстве о религии, что способствовало открытию новых приходов. На левом берегу Омска, где проживало около 300 тысяч человек, в 1990-х годах не было ни одного храма. Администрация города предоставила здание бывшей швейной мастерской «Сувенир» по улице Димитрова, 4 для обустройства православного храма.
Здание на момент передачи находилось в аварийном состоянии: осыпалась штукатурка, крыша текла, полы прогнили. В течение нескольких месяцев силами прихожан был проведен капитальный ремонт, приобретены иконы и церковная утварь. За последующие 25 лет в результате реконструкций и достроек здание приобрело вид православного храма. Была возведена колокольня, благоустроена территория, построено административное здание.
В 2012 году храм был освящен митрополитом Омским и Таврическим. Архитектурный облик храма формировался постепенно, в процессе адаптации промышленного здания под церковные нужды. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых, организована приходская библиотека. Развивается социальное и миссионерское служение.
Храм посвящен святителю Иоанну (Максимовичу), митрополиту Тобольскому и всея Сибири, канонизированному в 1916 году. Святитель Иоанн управлял Тобольской кафедрой с 1711 по 1715 год, известен своей просветительской деятельностью в Сибири и богословским трудом «Илиотропион» о согласовании человеческой воли с Божественной.
