В 1903 году, согласно определению Святейшего Правительствующего Синода, было принято решение об учреждении близ города Нахичевани, Ростовского округа, Екатеринославской епархии женской общины под наименованием «Троице-Алексеевская». Инициатором и попечителем создания общины выступил ростовский купец Самуил Иванович Федоров, который пожертвовал для этих целей земельный участок, расположенный в двенадцати верстах от Ростова-на-Дону. На территории участка находился родник, вскоре получивший известность благодаря своим целебным свойствам. В народе монастырь получил название «Федоровский» в честь своего благотворителя.
Первой настоятельницей новообразованной обители стала игумения Анастасия, под руководством которой к 1905 году было построено несколько деревянных сооружений, включая часовню-каплицу и келии для сестер. Впоследствии эти постройки были заменены на каменные. Над целебным источником возвели каплицу, а рядом — домик игумении.
В 1905 году, по заказу С.И. Федорова, известный архитектор Н.М. Соколов разработал проект небольшого каменного храма для монастыря. Строительство завершилось в 1908 году, и 22 июня того же года, после получения от Святейшего Синода антиминса, церковь была освящена во имя Иверской иконы Божией Матери. Список этой иконы был подарен монастырю его благодетелем, купцом Федоровым.
Согласно преданиям, в конце лета 1914 года царский кортеж, возвращавшийся с Кавказских Минеральных Вод, остановился у границы монастырской земли. Император Николай II вместе с наследником цесаревичем Алексеем посетили монастырь и вошли в храм, чтобы поклониться Иверской иконе Божией Матери.
С началом Первой мировой войны монастырь принял на себя новые обязанности. В 1915 году монахини взяли на воспитание детей-сирот в возрасте 9–11 лет, привезенных в Ростов из оккупированной Польши. Дети обучались и жили в монастыре до начала 1920-х годов.
В 1919 году, когда возникла угроза закрытия монастыря, игумения Анастасия приняла решение зарегистрировать общину как сельскохозяйственную артель. Это позволило продолжить монастырскую жизнь в условиях гонений на религию. Однако в 1929 году монастырь был закрыт, его имущество передано государству, а игумения и несколько сестер были высланы в Сибирь. В последующие годы в зданиях монастыря размещались различные учреждения: клуб свинооткормочного совхоза, детский дом, мастерские и склады. Монастырская пасека погибла, часовня, игуменский домик и хозяйственные постройки были разобраны, а территория пришла в запустение.
В конце 1980-х годов, по благословению правящего архиерея митрополита Владимира (Сабодана), была создана инициативная группа с целью добиться возвращения монастыря Русской Православной Церкви. Возрождение обители началось после распада СССР: постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви от 30 августа 1991 года монастырь был восстановлен. В 1992 году монастырь получил в дар от митрополита Владимира Иверскую икону Пресвятой Богородицы, написанную и освященную на Святой Горе Афон.
Постепенно были отстроены келии, очищен и благоустроен источник. К концу 1995 года была восстановлена монастырская церковь, а весной 1996 года ей был возвращен изначальный вид пятиглавия. К осени 2002 года ростовскими художниками-реставраторами были расписаны стены и обновлен иконостас нижнего храма. 17 ноября 2002 года состоялось великое освящение отреставрированного храма.
В настоящее время в монастыре проживают 35 насельниц. На его территории находятся несколько храмов: храм Иверской иконы Божией Матери, нижний храм святителя Димитрия Ростовского и строящийся храм Пресвятой Троицы. К святыням монастыря относятся Иверская икона Божией Матери, монастырский святой источник и ковчег с частицами мощей преподобных старцев Киево-Печерских.
