Руководство строительством с 1761 по 1763 год осуществлял инженер-полковник А. И. Ригельман.На центральной площади крепости была возведена небольшая деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы.С историей этой церкви связаны имена адмирала А. М. Сенявина, святого праведного воина Фёдора Ушакова и генералиссимуса А. В. Суворова, который, по преданию, исполнял в ней обязанности певчего и псаломщика.
В последующие годы в Ростове-на-Дону были построены и функционировали два Покровских храма. В 1930 году, в период антирелигиозной политики советской власти, один из них был разобран, а на его месте установлены часы и фонтан.
В 1992 году, на территории городского Северного кладбища, началось возрождение Покровского храма. Первый настоятель, иерей Дмитрий Осяк, построил малый храм, в котором проводились богослужения и отпевания усопших; в настоящее время это здание используется как часовня и административное помещение.
В 1996 году настоятелем был назначен протоиерей Владимир Понич (ныне игумен Всеволод). С этого времени началось строительство нового большого храма по проекту архитектора Б. А. Радченкова. Возведение стен осуществлялось компанией «Ростовгорстрой» под руководством И. А. Станиславова. В 1999 году строительство было завершено, и 12 ноября 2000 года архиепископ Ростовский и Новочеркасский Пантелеимон освятил Свято-Покровский храм.
В 2010 году указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла храм был переименован в «Приход храма Покрова Пресвятой Богородицы». 16 ноября 2011 года изменения были зарегистрированы Главным Управлением Минюста РФ по Ростовской области.
14 января 2012 года настоятелем прихода был назначен иерей Евгений Иванович Осяк. С этого времени при храме активно развиваются различные направления приходской жизни, включая социальное служение, работу с молодёжью и образовательные проекты.
