В 1994 году архиепископ Ростовский и Новочеркасский Пантелеимон освятил место под строительство нового храма, и 26 июля того же года начались строительные работы. Первая Божественная литургия в новом помещении была проведена 3 июня 1994 года.
20 сентября 1999 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил университет и освятил закладной камень на месте строительства нового храма. Строительство велось по проекту архитектора Генриха Васильевича Иванова. В 2004 году на храм были установлены купола и крест. С 14 марта 2005 года богослужения проводились в приделе во имя святых апостолов Петра и Павла, расположенном в полуподвальном помещении храма.
К 2010 году основные строительные работы были завершены, и храм начал полноценно функционировать. Архитектурно здание выполнено в стиле русского классицизма, что выделяет его на фоне преобладающего в Ростове-на-Дону неовизантийского стиля. Храм представляет собой однокупольное сооружение с полукруглым алтарём, окружённым колоннадой, и колокольней, расположенной под шпилем.
При храме действует воскресная школа, а также молодёжная община. В 2018 году в криптовом помещении храма была создана музейная экспозиция, посвящённая жизни и служению святого праведного Иоанна Кронштадтского. Экспозиция включает в себя реконструкцию интерьера комнаты типичного дома в Архангельской губернии, где родился святой, а также различные артефакты, связанные с его жизнью и служением.
