Село Бестужево известно с конца XVI века, впервые упоминается в платёжных книгах Каменского стана 1594 года. В первой трети XVII века оно принадлежало помещику Ю.Я. Солнцеву, а в последней четверти XVIII века — сенатору и генералу П.Ф. Квашнину-Самарину. В начале XIX века село перешло к потомственному дворянину Егору Егоровичу Чеботарёву, который в 1825 году на собственные средства построил каменную церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Храм имел два престола: главный — во имя святителя Николая Чудотворца Мирликийского и придельный — во имя мученика Иоанна Воина.
Архитектурный облик храма выполнен в стиле классицизма, характерном для церковного зодчества того периода. Здание представляет собой кирпичное сооружение на каменном фундаменте с железной кровлей. К западному фасаду примыкает колокольня, выполненная в том же архитектурном стиле. Фасады украшены декоративными элементами, включая арочные окна и кирпичную кладку с элементами орнамента.
В 1876 году была построена деревянная колокольня, обитая тесом, с южной и северной пристройками. Церковь служила центром духовной жизни села и окрестных деревень, при ней действовала церковно-приходская школа, обеспечивавшая начальное образование для детей прихожан.
После революционных событий 1917 года и установления советской власти храм, как и многие другие религиозные учреждения, подвергся закрытию. Здание использовалось под хозяйственные нужды, что привело к утрате части архитектурных элементов и внутреннего убранства. Купола и колокольня были демонтированы, а интерьер подвергся значительным изменениям.
В 1999 году храм был возвращён Русской Православной Церкви, и начался процесс его восстановления. Были предприняты усилия по ремонту кровли, восстановлению куполов и колокольни, а также реставрации фасадов. Внутреннее убранство храма было восстановлено с учётом исторических особенностей. В настоящее время храм действует и входит в состав Скопинской епархии Рязанской митрополии Русской Православной Церкви.
