Село Хупань впервые упоминается в исторических документах в 1518 году, когда оно было передано в собственность Троице-Сергиева монастыря. С 1764 года, после секуляризации монастырских земель, село стало казённым. Уже в 1563 году в селе существовала церковь во имя Иоанна Богослова, о чём свидетельствует сотная выпись того времени. В 1593 году в писцовых книгах упоминается церковь с деисусом, царскими вратами, местными иконами, ризницей, книгами и железным клепалом, построенная на средства прихожан. В 1628–1629 годах в селе значится деревянная церковь того же наименования, построенная на монастырские средства. В 1678 году также упоминается деревянная церковь Иоанна Богослова.
До 1782 года при церкви Иоанна Богослова существовала другая деревянная церковь во имя святой великомученицы Варвары. Согласно храмозданной грамоте епископа Переславского Феофилакта, предполагалось построить новую церковь вместо обветшавшей, однако строительство не состоялось.
В 1814 году, усердием прихожан, был построен каменный двухэтажный храм, существующий по настоящее время. В верхнем этаже расположен престол в честь святого апостола Иоанна Богослова, в нижнем — в честь святой великомученицы Варвары. Храм снабжён необходимой утварью, ризницей, святыми иконами и богослужебными книгами. Особо чтимой является икона святой великомученицы Варвары, по преданию явленная у колодца, где ныне устроена часовня.
В 1771 году, во время эпидемии моровой язвы, по приказу епископа Геннадия, икона великомученицы Варвары с мощами была перенесена в город Переславль для богомолия. Образ находился в соборной церкви города в течение шести недель, после чего с крестным ходом был возвращён в село Купань. Во время пребывания иконы в Переславле был организован сбор средств на её украшение, благодаря чему она была украшена серебром и жемчугами.
В 1782 году, по распоряжению епископа Феофилакта, было выдано разрешение на строительство нового храма, однако строительство началось лишь в 1806 году и завершилось в 1814 году. Новый каменный храм был построен по благословению епископа Владимирского Ксенофонта.
