Никитский монастырь является одним из древнейших монастырей Переславля-Залесского. Согласно преданию, обитель была основана в начале XI века князем Борисом Владимировичем, сыном Владимира Святославича, совместно с епископом Иларионом. Первоначально монастырь выполнял миссионерскую функцию, способствуя распространению христианства среди местного языческого населения. Посвящение монастыря святому великомученику Никите Готфскому относится к этому периоду.
В письменных источниках домонгольского периода монастырь не упоминается. Первые документальные свидетельства о его существовании связаны с житием преподобного Никиты Столпника, составленным в XV веке. Согласно житию, Никита подвизался в монастыре в конце XII века. До XVI века все постройки обители были деревянными. В 1528 году по повелению великого князя Василия III на территории монастыря была возведена каменная Никитская церковь.
Значительный этап в истории монастыря связан с царствованием Ивана IV Грозного. В 1560-1564 годах по его указу был построен пятиглавый Никитский собор, включивший в себя более раннюю церковь в качестве южного придела. В этот же период возведены каменные стены с бойницами и башнями, превратившие монастырь в укреплённую крепость. Царь неоднократно посещал обитель, делал вклады, включая бронзовое паникадило для собора.
В Смутное время монастырь дважды подвергался осаде. В 1609 году его стены выдержали нападение польских войск, но в 1611 году после двухнедельной осады обитель была взята войсками Яна Сапеги, разорена и сожжена. Восстановление монастыря осуществлялось при поддержке царской династии Романовых. В 1643-1645 годах были отстроены стены и возведена Благовещенская церковь с трапезной палатой.
В XVIII-XIX веках на территории монастыря велось активное строительство. В 1768 году к Благовещенской церкви был пристроен придел во имя святителя Николая Чудотворца. В начале XIX века надвратная церковь Архангела Гавриила была заменена высокой колокольней. Монастырь продолжал оставаться местом паломничества, где хранились вериги и другие реликвии, связанные с преподобным Никитой Столпником.
После революции 1917 года монастырь был закрыт в 1923 году. Его здания использовались для различных светских нужд, включая размещение школы, жилых помещений и исправительного учреждения. В 1960-1970-х годах проводилась реставрация Никитского собора, однако в 1984 году произошло обрушение центрального купола. Монашеская жизнь возобновилась в 1993 году после передачи обители Русской Православной Церкви.
