Храм во имя святого пророка Илии в селе Шёлтозеро был возведён в конце XIX века. Первоначально в селе существовала деревянная церковь Преображения Господня, разрушенная в годы гонений на Церковь. В 2000 году в одном из старых двухэтажных домов, ранее принадлежавшем священнику, был устроен домовый храм. Помещение храма располагалось на первом этаже здания.
В 2003 году по благословению архиерея в селе Шёлтозеро было основано подворье Благовещенского Ионо-Яшезерского мужского монастыря. Подворье разместилось в том же здании, где находился домовый храм. В алтаре храма пребывал образ святого великомученика Георгия Победоносца, переданный монастырю со Святой Горы Афон.
Богослужения в храме совершались раз в неделю. Приходская община насчитывала около 25 человек. Исторические сведения о более ранних храмах в Шёлтозере немногочисленны. Известно, что до революции 1917 года в селе находилась закрытая в 1930 году церковь святого апостола Матфея, впоследствии переоборудованная под сельский Дом культуры.
