Первые упоминания о храме датируются 1493 годом, что делает его одним из старейших сохранившихся деревянных храмов России. Согласно исследованиям академика архитектуры Л.В. Даля, эта дата была обнаружена на храмовом кресте. Предполагается, что освящение церкви могло быть совершено иеромонахом Афанасием, учеником преподобного Александра Свирского.
В 1632 году храм подвергся значительной реконструкции. Были заменены галерея, крыльцо, подклет и нижние венцы всех трёх клетей, что существенно увеличило площадь церкви и привело к образованию трапезной. В результате этих изменений архитектурный облик храма приобрёл черты, характерные для русского деревянного зодчества XVII века.
В 1877 году здание церкви было обшито тесом, что соответствовало практике того времени по защите деревянных конструкций от внешних воздействий. Несмотря на эти изменения, основные архитектурные элементы и конструктивные решения храма сохранились.
После закрытия храма в 1930 году его состояние постепенно ухудшалось. Однако в 1971–1972 годах под руководством архитекторов М. Коляды и И. Марчета были проведены реставрационные работы, в ходе которых удалось восстановить многие элементы первоначального облика церкви, включая крыльцо и галерею.
В 1993 году храм был возвращён верующим, что позволило начать его восстановление и возобновить богослужения. В 2006 году по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира на территории храма был основан Георгиевский скит Свято-Троицкого Александра Свирского мужского монастыря. С этого времени начались регулярные богослужения и мероприятия по сохранению и поддержанию храма.
