Село Губари было основано в 1757 году переселенцами из различных уездов Российской империи. В 1773 году началось строительство первой деревянной церкви, завершённое в 1779 году. Этот храм был срублен из сосновых брёвен и освящён в честь иконы Божией Матери «Знамение». Первым священником прихода стал Иоанн Панфилов, назначенный в 1772 году.
К середине XIX века деревянная церковь обветшала и не могла вместить всех прихожан. В 1865 году на её месте был возведён новый кирпичный храм, также посвящённый иконе Божией Матери «Знамение». Этот храм служил духовным центром села до начала XX века.
В начале XX века, учитывая рост населения и потребность в более просторном храме, было принято решение о строительстве нового здания. Строительство нынешнего храма началось между 1910 и 1916 годами и завершилось его освящением в 1916 году. Новый храм представляет собой крупное кирпичное сооружение, выполненное в русском стиле. Он включает в себя основной объём с пятиглавым завершением, боковые приделы, пятигранный алтарь, трапезную и шатровую колокольню. Окна храма украшены цветными стёклами в узорных металлических рамах.
В 1937 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт и переоборудован под колхозный склад. Во время Великой Отечественной войны, когда отношение к религии несколько смягчилось, храм был вновь открыт для богослужений. Однако в 1960 году, в период новых гонений на церковь, храм снова закрыли, а священнослужителя изгнали из села. Здание использовалось для хранения зерна, что привело к его постепенному разрушению.
В 1990 году, после изменений в государственной политике в отношении религии, храм был возвращён Русской Православной Церкви. С этого времени начались восстановительные работы, инициированные уроженцем села, протоиереем Сергием Суздальцевым, настоятелем московского Свято-Троицкого храма на Воробьёвых горах. Благодаря его усилиям и поддержке местных жителей, храм был отремонтирован, внутренние стены украшены фресковой живописью в древнерусском стиле, обновлена церковная утварь.