История храма начинается в 1964 году, когда в связи с закрытием храма Онуфрия Великого в Анапе, верующие приобрели жилой дом на улице Гребенской и переоборудовали его под молитвенный дом. Первоначально храм был освящен во имя преподобного Онуфрия Великого, чтобы сохранить преемственность от прежней церкви. В период с 1960-х по 1980-е годы этот храм был единственным действующим православным храмом в Анапском районе.
После возвращения верующим здания старого Онуфриевского храма в 1991 году, церковь на улице Гребенской была 21 июля 1992 года переосвящена во имя преподобного Серафима Саровского. Позднее, в связи с открытием нового Серафимовского храма в Анапе, 12 марта 2014 года церковь на Гребенской получила посвящение в честь иконы Божией Матери «Умиление» — келейной иконы преподобного Серафима.
В 2016–2017 годах в храме была проведена капитальная реконструкция, в ходе которой были сохранены только стены старой церкви. В настоящее время храм является действующим и ежедневно проводит богослужения. При храме функционирует воскресная школа для детей и взрослых.
