Строительство храма было завершено в 1800 году на территории нового городского кладбища, созданного в конце XVIII века. Возведение храма на данном месте было обусловлено необходимостью обеспечения духовного окормления растущего населения города и создания центра религиозной жизни на новом кладбище. Храм был построен в стиле классицизма, что отражает архитектурные тенденции того времени. Он был обнесён каменной оградой, а также была построена каменная колокольня. Первоначально храм был приписан к собору Рождества Христова города Александрова и не имел собственного причта. В особых случаях богослужения в храме проводило духовенство Преображенского храма города Александрова .
В 1829 году при храме были построены приделы во имя великомученика Феодора Стратилата и святой великомученицы Варвары. Для храма выбирался свой церковный староста.
В начале XX века храм продолжал функционировать, однако в 1929 году, после закрытия Христорождественского собора, Боголюбская церковь осталась единственным действующим храмом в городе. Впоследствии, в 1930-х годах, храм был закрыт, и в городе не осталось ни одной действующей церкви. В советский период здание храма использовалось не по назначению, что привело к утрате его первоначального облика и архитектурных элементов.
В середине 1990-х годов храм был передан Владимирской епархии, и начались работы по его восстановлению. В 1998 году была заново построена колокольня, что стало важным этапом в процессе реставрации. Были восстановлены богослужения, а также завершено строительство трапезной. Территория храма была обнесена забором, что способствовало созданию благоприятных условий для проведения религиозных мероприятий .
