История храма восходит к XVI веку, когда на этом месте существовала деревянная клетская церковь Богоявления, известная как церковь «что на государевом дворе», расположенная вблизи царских хором. В 1742–1743 годах, по указу императрицы Елизаветы Петровны, на месте старой деревянной церкви был построен каменный храм во имя святых пророка Захарии и праведной Елисаветы. Выбор посвящения был обусловлен личной преданностью императрицы святой праведной Елисавете, её небесной покровительнице. Храм был возведён в стиле барокко, типичном для того времени, и имел форму «восьмерик на четверике». Позднее храм был переименован в Преображенский.
В 1760 году ветхий деревянный храм Богоявления был заменён новым, также деревянным. В 1790 году к каменному храму был пристроен придел во имя Богоявления Господня, освящённый в 1795 году. В 1804 году по прошению прихожан главный престол был переименован в честь Преображения Господня, а в трапезной части были устроены два придела: левый — во имя святых праведных Захарии и Елисаветы, правый — во имя Богоявления Господня. В том же году была построена колокольня. Самый большой колокол весил 237 пудов (около 3,9 тонн) и был отлит в 1836 году.
В советский период храм был закрыт, колокольня и каменная ограда разрушены, в здании размещались реставрационные мастерские. В 2010 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. С 2012 года начались восстановительные работы, финансируемые за счёт пожертвований прихожан и благотворителей. В настоящее время храм является действующим приходом, в нём регулярно совершаются богослужения.
