Первое документальное упоминание о церкви в деревне Ельцы относится к 1628 году, когда в патриарших окладных книгах была зафиксирована деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы на реке Шерне. В период с 1662 по 1667 годы церковная земля находилась в оброке у частных лиц.
В XVIII веке на месте обветшавшей деревянной церкви московским купцом Пантелеем Федотовым был построен каменный храм с колокольней. По местному преданию, освящение храма состоялось в 1748 году, а антиминсы на престолах были освящены епископом Переславским Феофилактом в 1778 году.
Архитектурно храм представляет собой одноэтажное каменное здание с шатровой колокольней. Внутреннее пространство включает три престола: главный — в честь Покрова Пресвятой Богородицы, и два придела в трапезной — во имя Святителя Николая Чудотворца и Святых преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. Над главным престолом устроена сень на четырёх столпах, а на царских вратах размещено резное изображение Тайной Вечери.
Церковь была обеспечена необходимой утварью, ризницей, святыми иконами и богослужебными книгами. Особым почитанием пользовалась икона Покрова Пресвятой Богородицы. От храмоздателя Пантелея Федотова сохранилось напрестольное Евангелие в серебряном вызолоченном окладе с надписью: «1751 г. построено в церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Дано вкладу тщанием Пантелеймона Федотова».
В 1930-х годах, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт. В 1980-х годах началась реставрация церкви за счёт государственного финансирования. Работы проводились под руководством архитектора М.М. Субботиной и инженеров Э.Я. Ершова и О.О. Щёлокова. Были выполнены противоаварийные мероприятия, однако фасады остались незавершёнными. Проект предусматривал подключение храма к отоплению от котельной сельхозпредприятия, но из-за экономических трудностей реализация была приостановлена, и объект был законсервирован.
