Согласно Первой Новгородской летописи, церковь была построена в 1410 году архимандритом Юрьева монастыря Варлаамом с благословения архиепископа Великоновгородского Иоанна II. В тот же период в Старой Руссе была возведена церковь Благовещения Богородицы.
В период шведского нашествия в начале XVII века храм практически не пострадал. Однако к 1710 году здание обветшало, и богослужения в нём прекратились. В 1740 году церковь была частично разобрана и восстановлена на старом фундаменте. В 1782 году был перестроен придел во имя Благовещения Пресвятой Богородицы.
Архитектурно церковь представляет собой квадратное в плане сооружение с полукруглой апсидой. Стены выполнены из обожжённого продолговатого кирпича, дикого камня и плиты. Внутри расположены четыре квадратных столба, поддерживающих свод и основание купола. Окна продолговатой формы, снабжены железными витыми решётками. В 1842 году был обновлён пятиярусный иконостас с иконами греческого письма.
До XIX века колокольня храма была деревянной и находилась на значительном расстоянии от церкви. В 1884–1885 годах на средства прихожан была возведена новая каменная колокольня.
В 1939 году, по решению Ленинградского облисполкома, храм был закрыт. С началом Великой Отечественной войны, в период оккупации Старой Руссы в 1941 году, богослужения в храме возобновились и продолжались до апреля 1943 года. После освобождения города в 1944 году прихожане добились разрешения на открытие храма. 24 февраля 1946 года был освящён Благовещенский придел, а вскоре после этого — главный престол Георгиевского храма.
В 1951 году колокольня храма была разобрана на кирпичи для коммунального строительства по постановлению Новгородского облисполкома.
