В 1891 году, к тысячелетию Балаклавского Георгиевского мужского монастыря в Крыму, было принято решение об основании его подворья в Екатеринодаре для обслуживания многочисленных паломников. Закладка каменного храма на территории подворья состоялась 18 июня 1895 года после Божественной литургии. В церемонии приняли участие представители городских властей, Городской Думы и настоятель Балаклавского монастыря игумен Никандр, который отметил также планы по созданию при подворье школы грамотности для детей из малообеспеченных семей.
Строительство храма продолжалось более восьми лет и велось на добровольные пожертвования горожан. Точные сведения об архитекторе и авторе проекта не сохранились, однако известно, что в работах принимал участие архитектор Мальгерб, известный по проектированию кафедрального собора во имя святой великомученицы Екатерины в центре Екатеринодара.
30 ноября 1903 года храм был освящен во имя святого великомученика и победоносца Георгия. Здание выполнено в византийском стиле и включает центральную часть и два придела: северный — в честь преподобных Маркела и Марии Египетской, южный — в честь Феодоровской иконы Божией Матери. Над центральной частью возвышаются пять куполов в виде луковиц, над притвором расположена колокольня, всего над храмом 11 куполов. Длина храмовой и алтарной части составляет 26 метров, ширина — 20 метров. Фасады украшены пилястрами и колоннами, оконные проемы имеют различные формы, включая трехцентровые, полуциркульные и прямоугольные с кокошниками. Фасады выполнены из лицевого кирпича местного производства и украшены цветными изразцами.
После событий 1917 года многие храмы были закрыты или разрушены. Однако Свято-Георгиевский храм оставался действующим, несмотря на сложные времена. В период с 1922 по 1939 год большинство храмов епархии были закрыты, но Свято-Георгиевский храм продолжал функционировать. С 1937 по 1943 год, когда на Кубани не было архиерея и епархия управлялась непосредственно Московским Патриархатом, храм оставался центром духовной жизни.
В 1995 году храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
