Является одним из старейших сохранившихся храмов города и объектом культурного наследия регионального значения.
В 1816 году на северной окраине Екатеринодара, на месте городского кладбища, была построена деревянная церковь во имя святого апостола Фомы. Со временем здание обветшало, и по инициативе наказного атамана Черноморского казачьего войска генерал-майора Николая Заводовского было принято решение о строительстве нового каменного храма и богадельни для содержания раненых и немощных казаков.
Проект комплекса, включающего церковь, богадельню и больницу, был разработан в 1833 году военным инженером капитаном Петровым. Строительство началось в 1842 году и завершилось в 1844 году. Новый храм был выполнен в стиле ампир, представляя собой однокупольное каменное здание. В марте 1843 года состоялось малое освящение храма, а в мае 1844 года — великое освящение.
В ноябре 1853 года генерал-майор Николай Заводовский, внесший значительный вклад в строительство храма и богадельни, был похоронен рядом с церковью. Над его могилой, а также могилой его супруги, была возведена каменная часовня с позолоченным крестом.
Со временем вокруг храма и богадельни сформировался комплекс зданий городской больницы. 24 ноября 1914 года храм посетил император Николай II, который молился в церкви, посетил богадельню и беседовал с раненными воинами.
В 1922 году, в ходе кампании по изъятию церковных ценностей, из храма была изъята серебряная утварь общим весом более 16 килограммов. Вскоре после этого церковь была закрыта, а здание использовалось под склады, хозяйственные нужды больницы и лекционный зал медицинского института.
В 1994 году начался процесс возвращения храма верующим. Первый молебен был отслужен 17 июля 1994 года, а 5 декабря 1999 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор совершил великое освящение храма.
