Деревянный трёхглавый Михайловский храм был построен в Екатеринодаре в 1884 году на средства Кубанского местного батальона, располагавшегося напротив через улицу Северную. Храм имел главный престол в честь Архистратига Божия Михаила. В 1931 году здание было передано 22-му артполку для культурно-просветительской работы, а в 1950-х годах полностью разрушено.
В 2009 году на улице Промышленной был устроен временный храм в помещении жилого дома, где начали совершаться регулярные богослужения. 6 марта 2009 года заложен первый камень нового храма примерно в 300 метрах от места разрушенного в 1936 году Покровского храма.
7 июля 2010 года в нижнем приделе строящегося храма, освящённом во имя святого царя страстотерпца Николая II, совершена первая Божественная Литургия. 5 октября 2011 года состоялось освящение и установка главок храма. 21 декабря 2011 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор освятил 10 колоколов, отлитых на воронежском предприятии «Русские колокола».
15 апреля 2012 года в построенном храме отслужена первая Пасхальная Литургия. 11 ноября 2012 года совершён чин великого освящения храма. 17 февраля 2013 года освящён нижний придел в честь царя страстотерпца Николая II, где оборудована купель для крещения взрослых.
Храм построен из кирпича, одноглавый, двухпрестольный. Основной объём представляет собой четверик с полукруглыми закомарными завершениями. Купол шлемовидной формы с золотым покрытием увенчан луковичной главкой на восьмигранной шейке.