Первоначально храм Флора и Лавра располагался между деревнями Гатьково и Пузынино, приблизительно в версте от торгового села Рогнедино. Предположительно, он был основан в XII веке при княгине Рогнеде. Точные сведения о продолжительности существования этого храма отсутствуют, однако известно, что во второй половине XIV века, при митрополите Московском Алексии, церковь была возобновлена или вновь основана на том же месте. Впоследствии храм перенесли в торговое село Рогнедино.
К 1748 году в Рогнедино существовала двухэтажная деревянная церковь с двумя престолами: главным во имя святых мучеников Флора и Лавра и придельным во имя святителя Алексия. При храме находилось обширное кладбище. Этот храм функционировал до конца XVIII века.
В 1784 году в Рогнедино был построен каменный холодный Одигитриевский храм с приделом во имя святых мучеников Флора и Лавра. Старая деревянная церковь за ветхостью была перестроена и стала кладбищенским однопрестольным храмом во имя святителя Алексия. Этот храм просуществовал до 1841 года, после чего был разобран.
На его месте, согласно храмозданной грамоте от 13 мая 1841 года, выданной епископом Смоленским и Дорогобужским Тимофеем, помещица Александра Николаевна Соковнина основала новый тёплый каменный кладбищенский однопрестольный храм во имя святителя Алексия. Строительство началось 8 июля 1841 года, и 6 сентября 1845 года храм был освящён. Иконы для иконостаса были написаны на средства Соковниной, за исключением древней иконы святителя Алексия, сохранившейся от предыдущего храма.
В начале XX века Алексиевский храм был перестроен. После революции 1917 года и последующих гонений на церковь здание использовалось для размещения государственных и муниципальных организаций, а затем учреждений культуры. После строительства нового Дома культуры здание храма передали под складские помещения. В начале 1990-х годов в результате пожара большая часть здания была утрачена; сохранились лишь частично стены, фундамент и единственное уцелевшее служебное помещение.
