Храм во имя святителя Алексия, митрополита Московского, в посёлке Рогнедино был основан на месте более древнего храмового комплекса. Первые упоминания о церкви в этой местности относятся к XII веку, когда при княжеской усадьбе между деревнями Гатьково и Пузынино существовал храм, связанный с именем княгини Рогнеды. В середине XIV века, после посещения этих мест митрополитом Алексием, храм был возобновлён или основан заново.
В 1748 году в торговом селе Рогнедино упоминается двухэтажная деревянная церковь с главным престолом во имя святых мучеников Флора и Лавра и придельным во имя святителя Алексия. В 1784 году с постройкой нового каменного храма в честь Смоленской иконы Божией Матери, Алексиевская церковь стала кладбищенской и однопрестольной.
8 июля 1841 года на месте ветхого храма был заложен новый каменный храм во имя святителя Алексия. Строительство велось на средства помещицы Александры Николаевны Соковниной. Храм был освящён 6 сентября 1845 года епископом Смоленским и Дорогобужским Тимофеем. В храме сохранилась древняя храмовая икона святителя Алексия, перешедшая от предыдущего храма.
В 1896 году по проекту архитектора М. Мейшера была проведена значительная перестройка храма, увеличившая его площадь до 350 квадратных метров. В этот период храм получил новый иконостас с 21 иконой, созданный на пожертвования купца Я.Е. Кондратьева, а также колокольню с девятью колоколами общим весом 6 тонн 308 кг.
После революции 1917 года храм был закрыт, в его здании размещались различные учреждения, а позднее - складские помещения. В начале 1990-х годов в результате пожара большая часть здания была утрачена. В 1991 году сохранившееся служебное помещение храма было передано православной общине, где был устроен храм во имя святых мучеников Флора и Лавра.
С начала XXI века ведутся работы по восстановлению Алексиевского храма. В процессе реставрации применяются оригинальные архитектурные решения, включая систему подпружных арок. Восстанавливается и колокольня храма, хотя её расположение несколько отличается от исторического проекта.