В 1756 году войсковой атаман, тайный советник Даниил Ефремов заложил каменную домовую церковь во имя Донской иконы Божией Матери на своем подворье в Черкасске (ныне станица Старочеркасская). Существует предание, что образцом для строительства послужила церковь на Ближних пещерах Киево-Печерской лавры, где в молодости служил родоначальник Ефремовых. Строительство завершилось в 1761 году, и 16 сентября того же года храм был освящен епископом Воронежским и Елецким Кириллом.
Архитектурно храм представляет собой образец барочного стиля XVIII века. Внутреннее убранство отличалось богатством: иконостас включал 40 икон, многие из которых были облачены в серебряные с позолотой оклады, украшенные драгоценными камнями. Царские врата были выполнены из серебра, а паникадило весило около 120 кг. К моменту образования монастыря в 1837 году в храме насчитывалось 24 пуда серебра, 2,5 кг золота, 409 бриллиантов, более 1500 изумрудов и яхонтов. На колокольне находилось 8 колоколов, главный из которых весил более 2,5 тонн.
В декабре 1831 года потомки рода Ефремовых обратились к правящему архиерею с прошением об учреждении при церкви женской обители, пожертвовав для этого свои средства и угодья. В 1836 году был подписан указ императора об учреждении в станице Старочеркасской Ефремовского женского монастыря III класса. Торжественное открытие монастыря состоялось 12 сентября 1837 года. Основательницами стали невестки атамана Ефремова: Ульяна Алексеевна и Евдокия Иоакимовна Ефремовы.
К началу XX века в монастыре проживало около 300 человек, включая 16 штатных монахинь, 2 сверхштатных, 96 рясофорных и 135 послушниц. Монастырь был известен своей благотворительной деятельностью и образовательными инициативами: при обители функционировала школа для девочек и богадельня для престарелых женщин. Монахини славились искусством золотого шитья, их изделия пользовались спросом далеко за пределами Донского края.
В 1927 году, в период антирелигиозной кампании, монастырь был закрыт, а его имущество конфисковано. Соборный храм подвергся разрушениям, внутреннее убранство было уничтожено или расхищено. В последующие десятилетия территория монастыря находилась в запустении.
В 1970-х годах начались реставрационные работы, инициированные созданием Старочеркасского историко-архитектурного музея-заповедника. Однако полноценное возрождение обители началось лишь после распада СССР. 5 октября 1994 года монастырь был вновь открыт, но уже как мужской. Первым наместником возрожденного монастыря стал архимандрит Модест (Потапов). Братия поселилась в арендованном частном доме, параллельно начались восстановительные работы храма Донской иконы Божией Матери. Были благоустроены земли вокруг храма, приведены в порядок могилы усопших из рода Ефремовых и игуменьи Иннокентии, установлены колокола на колокольне.