История прихода восходит к началу XX века, когда в 1910 году в хуторе Мишкинском была возведена каменная церковь.В 1930-х годах храм был закрыт, а его здание использовалось в качестве сельского клуба, затем — зернохранилища.В 1970-х годах здание церкви было окончательно разрушено, и на его месте построен детский сад; сохранился дом священника.
В 2002 году деятельность прихода была возобновлена. Изначально богослужения проводились в помещении Мишкинского Дома культуры. В 2009 году приходу было передано здание бывшего магазина на улице Просвещения. Силами прихожан, а также при поддержке казачества и местной администрации, здание было отремонтировано, в нём установлен иконостас и престол.
