Первая Богоявленская церковь в Мокшане была построена в 1683 году. Это был деревянный храм, возведенный вскоре после основания населенного пункта как крепости на пензенской засечной черте. В 1803-1809 годах на месте обветшавшего здания построили каменный трехпрестольный храм с приделами в честь святителя Николая Чудотворца и Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1893 году началась масштабная реконструкция храма по проекту епархиального архитектора Алексея Егоровича Эренберга. Основной объем старой церкви был разобран, и к 1898 году возведено новое здание в русско-византийском стиле с элементами эклектики. В 1907 году к храму пристроили четырехъярусную колокольню, завершив формирование архитектурного ансамбля.
В ноябре 1929 года храм был закрыт советскими властями. В разные годы здание использовалось как зернохранилище, склад райпо и объект гражданской обороны. К 1992 году сооружение находилось в аварийном состоянии - без крыши, полов и оконных заполнений.
В 1992 году храм возвращен Русской Православной Церкви. В 1996 году возобновлены богослужения в Никольском приделе. К 2013 году завершены основные восстановительные работы, и 10 ноября митрополит Пензенский совершил великое освящение храма. В настоящее время продолжается обустройство боковых алтарей и иконостасов.
Архитектурно храм представляет собой прямоугольный в плане объем с тремя полукруглыми алтарными выступами, увенчанный световым барабаном-ротондой с массивным куполом. С западной стороны к основному объему примыкают трапезная и колокольня, образующие единый ансамбль. Стилистически здание сочетает элементы русской и византийской архитектурных традиций.