Первое упоминание о деревянном храме во имя Архистратига Михаила в Мокшане относится к 1743 году. В 1799 году на его месте возвели новое деревянное здание церкви, которое просуществовало до пожара 1817 года. В период с 1817 по 1825 год на средства прихожан Пешей слободы и тщанием священника Василия Беликова была построена каменная церковь в стиле классицизма. Храм представлял собой двухсветный четверик с пилястровыми портиками, увенчанный полусферическим куполом. В 1823 году освятили придел во имя святителя Николая Чудотворца.
В 1849 году храм пострадал от пожара, после чего был восстановлен с улучшениями. В 1866 году главный престол сделали теплым, а в 1868-1869 годах по проекту младшего инженера Федотова трапезную часть расширили в обе стороны. В 1886-1890 годах проведена масштабная реконструкция: деревянные перекрытия трапезной заменены каменными сводами, построена новая трехъярусная колокольня в русском стиле, заменившая прежнюю двухъярусную.
В 1931 году храм закрыли, его здание использовалось как зерносклад. В 1947-1949 годах богослужения временно возобновились, а с 1951 года храм окончательно возвращен верующим. В 1998 году восстановлен и освящен придел во имя святителя Феодосия Черниговского, который ранее использовался как подсобное помещение. Иконы для иконостаса были написаны московским художником Александром Солдатовым.
Архитектурный ансамбль храма сложился в результате нескольких строительных этапов. Основной объем выполнен в формах классицизма, а колокольня и трапезная приобрели черты русского стиля в ходе перестроек конца XIX века. В декоре фасадов использованы пилястры, фронтоны, арочные перемычки окон. Внутреннее пространство разделено на три части: основной храм, расширенную трапезную и притвор с колокольней.