В начале XIX века село Шигоны перешло во владение помещика Дмитрия Степановича Кроткова. В 1829 году по его инициативе была возведена каменная церковь во имя Архангела Михаила. Архитектурный проект храма был разработан архитектором М.П. Коринфским и выполнен в стиле классицизма. Здание церкви представляло собой однокупольную конструкцию с колокольней, характерной для храмового зодчества того периода.
В 1889 году, спустя шестьдесят лет после первоначального строительства, внучка Дмитрия Кроткова, Варвара Павловна Кроткова-Дурасова, инициировала реставрацию храма. В ходе этих работ церковь была обнесена каменной оградой с элементами кузнечной ковки. В этот же период были освящены приделы храма: правый — во имя святого Димитрия Ростовского, левый — во имя святой равноапостольной Марии Магдалины. В теплой трапезной части храма на правой стороне был устроен престол во имя святой великомученицы Варвары, на левой — в честь Владимирской иконы Божией Матери.
В начале XX века храм являлся центром духовной жизни села Шигоны. По данным 1900 года, в приходе числилось 365 дворов с населением 876 мужчин и 940 женщин. При храме функционировало церковно-приходское попечительство с 1882 года, а также начальное училище. Церковный причт состоял из священника, диакона и псаломщика, для которых были предусмотрены общественные дома на церковной земле.
В 1930-е годы, в период антирелигиозной политики советского государства, храм Архангела Михаила был закрыт. Здание использовалось в качестве склада, что привело к утрате значительной части его первоначального облика. К 1980-м годам от комплекса сохранился лишь притвор бывшего храма.
В 1989 году, по благословению митрополита Иоанна Снычева, началось восстановление храма. Благочинный Сызранского округа протоиерей Григорий Коберник возглавил работы по возрождению святыни. В 1990 году, в день Святой Троицы, в восстановленном храме была проведена первая после долгого перерыва служба.
