Село Великая Губа, впервые упомянутое в исторических источниках в 1583 году, находится на северо-восточном берегу Онежского озера в регионе Заонежье.
В период с 1647 по 1654 годы в селе была возведена деревянная церковь Пророка Ильи. К середине XIX века этот храм обветшал, и было принято решение о строительстве нового каменного храма на его месте. Строительство осуществлялось на средства прихожан и священнослужителей и завершилось в январе 1867 года освящением храма во имя преподобного Алексия, человека Божия. Архитектурно здание выполнено в так называемом "провинциальном варианте русского стиля", отражающем адаптацию традиций центральных городов в уменьшенном виде.
Первоначально храм представлял собой пятиглавый четверик с небольшой трапезной и восьмигранной шатровой колокольней, расположенной над папертью. Стены были сложены из кирпича, оштукатурены и побелены; крыша — стропильная с железной кровлей. Фасады украшали обрамления окон, ниши, лопатки и профилированные карнизы.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики Советского Союза, храм был закрыт и переоборудован под клуб. В ходе этих преобразований были снесены главки и колокольня, главный вход с западной стороны заделан кирпичом, а новый вход прорублен с южной стороны. В последующие десятилетия здание использовалось как склад, а к 1980-м годам было полностью заброшено.
В конце 1990-х годов начались работы по восстановлению храма. В 1994 году постановлением Совета Министров Республики Карелия здание было передано Карельской епархии. В ноябре 2009 года в храме была совершена первая после длительного перерыва Божественная литургия. С этого момента начались регулярные богослужения и активные восстановительные работы. Были заменены кровельное покрытие, стропила и обрешетка, восстановлена центральная главка над основным объемом, заделан южный вход и восстановлен исторический западный вход, произведена полная замена электропроводки, обустроены теплые полы с водяным отоплением, а внутри храма смонтирована котельная.
В сентябре 2017 года, в день 150-летия со дня освящения храма, митрополит Петрозаводский и Карельский Константин совершил здесь Божественную литургию. Это было первое архиерейское богослужение со времени основания храма. Восстановительные работы продолжаются, и храм постепенно возвращает свой исторический облик.
