Храм был построен в 1656 году и являлся памятником деревянного зодчества XVII века.
В 1898 году в Яндомозере была возведена новая деревянная церковь святой великомученицы Варвары, которая функционировала параллельно со старым храмом.
В 1951–1957 годах старая Варваринская церковь была отреставрирована по проекту архитектора А. В. Ополовникова. В 1989 году проведены дополнительные консервационные работы, направленные на сохранение памятника.
В 2015 году Министерство культуры Российской Федерации приняло решение о переносе Варваринской церкви из нежилой деревни Яндомозеро в деревню Типиницы для обеспечения её сохранности. Работы по переносу и реставрации затянулись, сопровождаясь рядом сложностей и претензий. К марту 2021 года храм в Типиницах был собран под крышей, с восстановленной шатровой кровлей, луковичными главками и крестами.