Село Хомяково, ранее известное как село Коптевское, упоминается в писцовых книгах 1587–1678 годов как владение помещиков Хомяковых. Название населённого пункта связано с именем этих владельцев. По метрическим книгам, каменный храм во имя преподобного Александра Свирского известен с 1754 года. Однако архитектурные особенности здания позволяют отнести его строительство к периоду конца XVII — начала XVIII века. Предположительно, инициаторами строительства были представители рода Хомяковых, в частности Михаил Иванович и его сын Денис Михайлович, а также их родственник Фёдор Тимофеевич Хомяков, занимавший высокие должности в государственном аппарате того времени.
Первоначальное здание храма было выполнено в стиле нарышкинского барокко, характеризующегося декоративными элементами и узорочьем. Архитектурная композиция включала двусветный одноглавый четверик с поясом декоративных закомар под карнизом, остатками кокошников, пятигранной апсидой и небольшой трапезной. В начале XIX века храм был перестроен в стиле классицизма, что выразилось в сооружении массивной колокольни и изменении некоторых архитектурных деталей.
В 1868 году, в связи с малочисленностью прихожан, храм был приписан к церкви села Богучарово. Однако благодаря пожертвованиям местных жителей, включая купца Иванова и помещиков Хомяковых, в 1878 году приход вновь стал самостоятельным. В 1930-х годах храм был закрыт, и в его здании разместили мельницу и склад муки. Несмотря на утрату культового назначения, внутренняя роспись храма сохранилась, что свидетельствует о высоком уровне художественного оформления интерьеров.
В 2010 году начались работы по восстановлению храма. С 2017 года проводятся серьёзные реставрационные мероприятия, направленные на восстановление архитектурного облика здания и интерьеров. Особое внимание уделяется сохранению и реставрации академической живописи XIX века, сохранившейся в четверике и алтаре храма. К 2023–2024 годам основные работы по восстановлению росписей были завершены.
При храме действует творческая мастерская «Золотые руки», где проводятся занятия и мастер-классы по народным промыслам для детей и взрослых. Деятельность мастерской направлена на сохранение и популяризацию традиционных ремёсел, а также на привлечение местного населения к культурной жизни прихода.
