Строительство храма было инициировано в 1891 году на средства обоянских купцов. Заложение церкви состоялось 19 (31) мая 1891 года на Александро-Невской площади города Обояни. Строительство велось по проекту архитектора Владимира Григорьевича Слесарева в русско-византийском стиле из красного кирпича. Возведение здания затянулось из-за недостатка финансирования и было завершено в 1906 году. Иконостас был установлен в 1914 году.
Церковь Александра Невского была приписана к Свято-Троицкому собору. 26 июня (9 июля) 1917 года жители города обратились к епископу Курскому и Обоянскому Феофану с просьбой об открытии самостоятельного прихода при Александро-Невской церкви. Эта просьба была удовлетворена 3 (16) октября 1917 года, и священником был избран Иоанн Попов.
В 1922 году, в период кампании по изъятию церковных ценностей, из храма были изъяты серебряные священные сосуды, кресты, обложки с евангелий и ризы с икон. Всего было изъято 20 предметов общим весом 27 фунтов. В 1930-х годах храм был закрыт и использовался под складские помещения. Колокольня была разобрана, главный купол частично разрушен, а здание подвергалось неоднократным попыткам разрушения.
В 1962 году возникла идея реконструировать здание храма и использовать его под Дворец культуры. Эта реконструкция была осуществлена в 1984 году, после чего в здании открылся молодёжный спортивный клуб «Факел».
Храм был возвращён Русской Православной Церкви в 1991 году и вновь освящён 12 июня 1991 года. 17 декабря 1991 года был зарегистрирован приход храма Александра Невского.
Архитектурно храм представляет собой монументальное трёхпрестольное здание из красного кирпича в русско-византийском стиле, венчаемое пятью луковичными куполами. Отсутствие колокольни является особенностью данного храма.
