Согласно различным источникам, основание монастыря датируется концом XIV века. В числе возможных основателей упоминаются великая княгиня Евдокия, супруга Дмитрия Донского, принявшая монашество под именем Евфросиния, а также царица Мария Фёдоровна Нагая, мать царевича Димитрия. Первоначально обитель располагалась в северо-западной части Угличского кремля и включала деревянные храмы в честь Богоявления Господня и Смоленской иконы Божией Матери.
В 1609 году монастырь был разрушен в результате польско-литовского нашествия. Игуменья Анастасия и пять монахинь погибли во время нападения. В 1620-х годах обитель была восстановлена на прежнем месте при содействии инокини Марфы, матери царя Михаила Фёдоровича Романова, которая внесла значительный вклад в восстановление монастыря, предоставив средства, земли и другие ресурсы.
В 1661 году, в связи с ограниченностью территории в Угличском кремле, монастырь был перенесён на новое место на Ростовской дороге. К 1670-м годам на новом месте были построены деревянные церкви во имя Богоявления Господня и Страстной иконы Божией Матери. Однако 26 сентября 1677 года деревянная церковь Богоявления пострадала от пожара, вызванного ударом молнии.
В 1689 году митрополит Ростовский Иона Сысоевич выдал грамоту на строительство нового каменного храма. К 1700 году была завершена постройка пятиглавой церкви во имя Богоявления Господня с трапезной и колокольней. Главный престол был освящён во имя Богоявления Господня, придельный — во имя Смоленской иконы Божией Матери. В подклете храма были освящены престолы во имя апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного, а в 1775 году — во имя Иоанна Милостивого и святителя Димитрия Ростовского.
В 1846 году нижние престолы храма были упразднены, а подклетные помещения использовались под больницу. В 1853 году, после освящения нового Богоявленского собора, церковь Богоявления была переосвящена во имя Смоленской иконы Божией Матери. Смоленский придел бывшей Богоявленской церкви был переустроен на средства угличского почётного гражданина Ивана Аркадьевича Зимина и освящён во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. В нём была установлена икона с частицей мощей более шестидесяти святых, включая князя Димитрия.
В 1805 году была заложена каменная пятиглавая церковь в честь Феодоровской иконы Божией Матери, завершённая в 1818 году. В 1822–1824 годах интерьер храма был расписан Тимофеем Медведевым, а в 1862 году обновлён ярославским художником Егором Дьяконовым. В 1890 году на заводе купца Оловянишникова был заказан колокол весом 500 пудов.
В 1843–1853 годах по проекту архитектора К. А. Тона был построен Богоявленский собор в русско-византийском стиле. Собор представляет собой четырёхстолпный пятиглавый трёхапсидный храм с массивным основным объёмом и высокими алтарными апсидами. В подклете под северной апсидой находилась часовня иконы Божией Матери «Недремлющее око». С западной стороны к храму примыкает паперть, в верхнем этаже которой размещалась монастырская ризница.
После революции 1917 года монастырь продолжал действовать до 1930 года. После закрытия его помещения использовались в качестве складов. В 2000 году монастырь был возвращён Русской Православной Церкви. С 2010 года обитель возобновила свою деятельность, став местом паломничества и духовной жизни. Наиболее почитаемой святыней монастыря является список Феодоровской иконы Божией Матери.
