Он был основан в 1371 году иноком Адрианом по инициативе митрополита Алексия с согласия московского князя Дмитрия Донского.Первоначально монастырь носил название Успенского и был окружён деревянными стенами, защищавшими подступы к Угличу со стороны Ярославской дороги.С 1439 года монастырь стал называться Алексеевским.
В 1534 году в монастыре был построен кирпичный храм в честь святителя Алексия, митрополита Московского. Это один из первых каменных храмов, возведённых вне стен кремля. В XIX веке храм был перестроен, а в советское время здание использовалось как картинная галерея.
В 1609 году монастырь подвергся нападению польско-литовских интервентов, в результате чего все иноки были истреблены. После изгнания захватчиков в память о погибших угличанах в монастыре была построена Успенская церковь, известная как «Дивная». Этот храм, возведённый в 1628 году, является одним из первых каменных сооружений России, построенных после Смутного времени. Церковь отличается оригинальной архитектурой: храмовая часть завершается тремя шатровыми главами, образующими трезубую корону.
В 1681 году в монастыре была построена церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи с приделом во имя великомученика Феодора Стратилата и преподобного Аркадия. Этот храм является первым бесстолпным храмом Углича и увенчан пятиглавием.
В 1698 году в монастыре были заточены стрельцы, участвовавшие в бунте против Петра I. После секуляризационной реформы 1764 года монастырь стал третьеклассным. В 1898 и 1901 годах в монастыре были выстроены две каменные часовни. На начало XX века монастырю принадлежало 216 десятин и 803 квадратных сажени земли в Угличском и Мышкинском уездах и 79 081 рубль капитала.
