Село Бабышево, на территории которого ныне находится храм, с XIV века принадлежало великим княгиням Московским. В 1520-х годах здесь поселились строители Коломенского кремля — кирпичники и гончары, что привело к преобразованию Бабышева в Гончарную слободу. Около 1480 года Софья Палеолог, супруга Ивана III, построила в своей вотчине церковь Зачатия в память о рождении наследника престола Василия III. В XVI веке деревянный храм сгорел, сохранилась лишь икона Спаса Нерукотворного. На месте сгоревшего храма была возведена новая церковь, освящённая в честь этого образа.
В 1680 году началось строительство каменного храма, который в 1689 году был освящён в честь Богоявления Господня. Архитектурно храм представляет собой четверик, увенчанный небольшим пятиглавием. В 1800—1804 годах четверик был перестроен, и в это же время в стиле классицизма были выстроены трапезная с приделами Введения во храм Пресвятой Богородицы и святого Харалампия, а также колокольня.
26 декабря 1782 года в церковном доме при храме родился святитель Филарет, митрополит Московский и Коломенский. Его родословные корни уходят в наследственный приход Богоявленского храма. Самое древнее упоминание о родственниках святителя Филарета в Коломне относится к 1751 году — в городских документах упоминается Афанасий Филиппов, священник церкви Богоявления в Гончарах, прадед митрополита Филарета. В его семье родился дедушка святителя, Никита Афанасьевич, который также стал священником Богоявленского храма.
В советский период, когда многие храмы были закрыты, Богоявленский храм в Гончарах оставался действующим и выполнял роль кафедрального храма митрополитов Крутицких и Коломенских в 1940-х — 1980-х годах. Он стал единственным в городе храмом, не закрывавшимся для богослужения в это время.
